Alors, pour ta première question :
Il n'y a pas de "règle stricte", l'étude des superstructures n'est qu'une voie parmi d'autres pour trouver des idées d'une autre façon, enrichir tes connaissances harmoniques, etc...
Sur un Cmaj7, tu éviteras de toute façon le F naturel, il frotte très violemment avec la tierce de l'accord et sonne particulièrement faux.
En analyse jazz, on chercherait à comprendre de quel mode provient l'accord, et ensuite on classe les notes en extension ou note à éviter, pour la gamme majeure par exemple :
Cmaj 7 (IMaj7) : C (1) D(9) E(3) F(note à éviter) G(5) A(6 ou 13) B(7) : Ionien
Dmin7 (IImin7) : D(1) E(9) F(3) G(11)A(5)B(13) C(7) : Dorien
Emin7 (IIImin7) : E(1) F(note à éviter) G(3)A(11)B(5)C(note à éviter)D(7) : Phrygien
FMaj7 (IVMaj7) : F(1)G(9)(A(3)B(#11)C(5)D(6 ou 13)E(7) : Lydien
G7 (V7) : G(1) A(9) B(3) C(note à éviter)D(5)E(13)F(7) : Mixolydien
Amin7 (VIm7) : A(1)B(9)C(3)D(11)E(5)F(note à éviter, bien que caractéristique du mode en harmonie modale)G(7) : Eolien
Bmin7b5 (VIIm7b5) : B(1)C(note à éviter)D(3)E(11)F(5)G(b13 selon)A(7) : Locryen
Là, tu aurais les extensions basiques. Après, si tu as envie de faire sonner une 11ème sur un Cmaj7, va chercher le F#, le F naturel sonnant particulièrement faux sur cet accord.
La question à propos du B n'est pas naïve du tout, mais même très intéressante : en ne le jouant pas, tu obtiens en fait une suite de triades qui marche autant sur C7 que CMaj7

L'idée d'utilisation de triades enchainées a surtout un effet intéressant lorsqu'on respecte une suite logique (nombre de notes, rythme, symétrie par exemple...), aussi pour garder l'idée de trois notes, on utilise C puis D, etc... mais rien ne t'empêche de clarifier l'harmonie ou de briser l'apparence symétrique de tes plans en triades. Juste une question esthétique.
Pour la 3ème question, je ne vois pas de Fm7 sur C7, mais F#m sur C7.
L'utilisation des triades est effectivement un chapitre à part, même si une parti recoupe l'idée de superstructures. Je vais faire de ce pas un petit topic sur le travail des triades. et leur rôle.